RNA/DNA-Sekundärstrukturberechnungen
Kurzbeschreibung :
Hierbei handelt es sich um ein häufig verwendetes tool zur Vorhersage von Sekundärstrukturen.Die Grundlage dieses Programms ist ein von Zuker & Stiegler (1981)beschriebener Algorithmus .Dieser berechnet Sekundärstrukturen mit minimaler freier Energie.Ein Vorteil von mfold ist es ,dass sich auch Sekundärstrukturen, die nicht dem Kriterium der minimalen freien Energie entsprechen , anzeigen lassen .Die für eine realistische Vorhersage nötigen Energieparameter sind im Vergleich zu früheren Versionen dieses Programms verbessert worden .Es lassen sich bis zu 800 bp große Sequenzen in die vorhandene Eingabebox kopieren (z.B. im FASTA-Format).Es werden vor dem Analysestart verschiedene Optionen zur individuellen Optimierung angeboten.Nach erfolgter Berechnung werden eine Vielzahl unterschiedlicher Dateiformate zum Herunterladen angeboten (u.a.jpg,pdf).Diese beinhalten neben den Strukturen auch die zugehörigen thermodynamischen Parameter für die einzelnen Substrukturen .
Kurzbeschreibung:
Auf dieser Seite werden jede Woche interessante Algorithmen vorgestellt .Sie wurde anlässlich des Wissenschaftsjahrs der Informatik 2006 ins Leben gerufen und erläutert auf anschauliche Art und Weise mathematische Probleme .Hier werden nicht nur wissenschaftliche Fragestellungen behandelt,sondern auch Probleme des Alltags diskutiert .Die Aktion ist primär an Schüler der Mittel- und Oberstufe gerichtet ,ist aber auch für andere Interessierte einen Besuch wert.Die Redaktion wird vom Lehrstuhl für Informatik der RWTH Aachen gebildet.Eingereichte Beiträge werden von sieben Hochschullehrern bewertet und falls nötig überarbeitet.Herausgeber ist der Fakultätentag Informatik.
Beitragsbeispiele :
Dynamische Programmierung:Evolutionäre Distanz ( Autor :Norbert Blum ,Matthias Kretschmer ,Uni Bonn)
Simulated Annealing (Autor :Peter Rossmanith ,RWTH Aachen )
Kurzbeschreibung :
Es handelt sich hierbei um eine grafische Methode (Tinoco et al.,1971) .Sie ist sehr nützlich um sich auf simple Art und Weise alle denkbaren Sekundärstrukturen in eine Matrix plotten zu lassen .Die Möglichkeit sich einen Plot einer Basensequenz von Interesse zu erstellen ist auf der Seite des Instituts für Physikalische Biologie der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf gegeben .Dazu muss lediglich die gewünschte Sequenz in die vorhandene Eingabebox kopiert werden .Es können Matrices aus Sequenzen mit einer Basenlänge zwischen 10 und 3000 bp erstellt werden.
Kurzbeschreibung :
XRNA ist ein auf Java basierendes Programmpaket .Es ermöglicht die Erzeugung,Bearbeitung und Darstellung von RNA-Sekundärstrukturen .Dieses empfehlenswerte tool ist für verschiedene Plattformen erhältlich .Die erstellten und kommentierten Sekundärstrukturen können dann im nativen *.xrna -Format gespeichert werden .Das Programm bietet obendrein die Möglichkeit des Exports in das PostScipt-Format .Dies stellt eine Kompatibilität mit anderen Programmen sicher .